El Comité Ministerial es el órgano supremo de decisión de la iniciativa del CBC y está conformado por los ministros a cargo de los asuntos de medio ambiente en los países que se han unido a la iniciativa.

ONU Medio Ambiente, a través de su Oficina Regional para América Latina y el Caribe, es un invitado permanente como Observador de la iniciativa que, además, proporciona asistencia técnica, operativa, administrativa y de recursos humanos, a la iniciativa y, en particular, para el funcionamiento de su Secretaría.

Adicionalmente, podrán ser invitados como Observadores del Comité Ministerial, los ministros del ambiente de otros países, más un (1) representante de las organizaciones no gubernamentales de cada País Firmante y un (1) representante del sector privado de cada uno de los Países Firmantes elegidos de acuerdo con los mecanismos de elección internos de esos grupos.

El Comité Ministerial establece las políticas que serán aplicadas en el marco del CBC, incluyendo la ejecución de proyectos.