Para implementar sus principios y alcanzar sus objetivos, y en concordancia con su modelo conceptual, el CBC se concibe como una plataforma de cooperación sur-sur (como red social) en la cual se promueven sus principios y prioridades fundamentales. Estos principios son:

• La conservación de la biodiversidad de importancia regional,
• La conservación o restauración de los ecosistemas y su conectividad ecológica,
• La sostenibilidad y resiliencia en el uso de los recursos de la biodiversidad y del desarrollo de las comunidades rurales; así como
• El fortalecimiento de la gobernanza coordinada entre múltiples actores y en múltiples escalas)