El modelo de gobernanza del CBC y su estructura es la garantía para canalizar acciones de conservación en todas las escalas de intervención de la iniciativa. Para lograr su funcionamiento efectivo, el sistema de gobernanza del CBC establece la revisión periódica de los acuerdos tomados por los países, evalúa el progreso de su plan estratégico y establecer prioridades regionales que son incorporadas a la agenda de trabajo de los países y de la Secretaría del CBC.
Se compone de cuatro estructuras esenciales: El Comité Ministerial, el Comité Científico-Técnico, la Secretaría y los Puntos Focales.