Mantener la conectividad ecológica a escala regional y asegurar la coordinación e integración de todos los actores claves para lograr alcanzar sus objetivos, requiere considerar al CBC como un sistema socio-ecológico complejo, en el que se interconectan no sólo las unidades territoriales de conservación de la biodiversidad que conforman una red ecológica, sino también a los actores que gobiernan y usan los recursos en una red social. Por ello, el CBC va más allá de la conectividad ecológica, puesto que su red social debe integrar a decisores, autoridades, sociedad civil, sector privado, así como a los usuarios de los recursos naturales y luchar por lograr el desafío de hacer sostenibles las relaciones entre ambas redes (social y ecológica).

El CBC se concibe como sistema socio-ecológico complejo conformado por redes que interactúan.  Espacialmente el CBC está conformado por una red ecológica territorial compuesta por unidades de conservación que garantizan la conectividad ecológica de los paisajes en sus diferentes escalas espaciales y niveles de biodiversidad. Estas unidades de conservación pueden ser, pero no necesariamente son, áreas protegidas. Superpuesta a esta red ecológica territorial, el CBC existe una red de actores sociales que utilizan los recursos de los ecosistemas, preservan las unidades de conservación, monitorean la biodiversidad y toman decisiones sobre cómo actuar en su ámbito espacial. Esta red social interactúa con la red territorial a través de acciones de uso o protección (directa o indirecta) de los recursos de la biodiversidad presentes en la red ecológica territorial, creando las relaciones que conforman a la conectividad socio-ecológica.

Las reglas de gobernanza territorial que se establezcan en el ámbito del CBC y su grado de cumplimiento determinarán si la conectividad socio-ecológica conduce o no a la sustentabilidad del uso de los recursos; así como, en última instancia, la contribución que el CBC pueda dar al desarrollo sostenible en la región